明代李时珍在《本草纲目》中对沉香的品种、主治和附方作了系统的总结,他指出:“沉香品类,诸说颇详,今考……诸书撮其未尽者补之云。香之等凡三:曰沉,日栈,曰黄熟是也。沉香入水即沉,其品凡四:曰熟结,乃膏脉凝结自朽出者;曰生结,乃刀斧伐仆膏脉结聚者;曰脱落,乃因水朽而结者;曰虫漏,乃因蠹隙而结者。生者为上,熟脱次之。坚黑为上,黄色次之。角沉黑润,黄沉黄润,蜡沉柔韧,革沉纹横,皆上品也。”书中认为沉香“辛,微温,无毒。咀嚼香甜者性平,辛辣者性热”。其主治症除了前人所载外,还有“治上热下寒,气逆喘急,大肠虚闭,小便气淋,男子精冷”。并附有治疗“诸虚寒热”胃冷久呃”“心神不足”“肾虚目黑”“胞转不通”“大肠虚闭“痘疮黑陷”等病症的附方。

  明代陈嘉谟的《本草蒙筌》载有沉香,并认为以黄蜡沉最好,“品极精美,得者罕稀。应病如神,人药甚捷。堪为丸作散忌日曝火烘。补相火抑阴助阳,养诸气通天彻地。转筋吐泻能止,噤口痢痛可驱”。并加按语:“(沉香)今人多与乌药摩服走散滞气。独行则势弱,与他药相佐,当缓取效,有益无损。”